El pressupost global del projecte és de 2,4 M€, finançats per la Generalitat, l’Ajuntament de La Jonquera, la Diputació de Girona i la Unió Europea. El Museu dedicarà una atenció especial als fets derivats de la Guerra Civil i de la dictadura franquista. El museu també inclourà un Centre de recerca sobre les migracions contemporànies. El Museu estarà ubicat a l’edifici de l’antic teatre de la Jonquera, al carrer major de la ciutat empordanesa. L’estructura estarà basada en una exposició permanent que aplegarà un recorregut pels diversos exilis que hi ha hagut en la història de la humanitat; un sala per a mostres temporals que inclourà aspectes puntuals del 1939 i un museu virtual interactiu basat en l’ús de les noves tecnologies.

El nou Museu de l’Exili ajudarà a recuperar la memòria històrica i homenatjar tots aquells que van ser víctimes de la Guerra Civil i la dictadura franquista i reparar en allò que sigui possible els que van resultar damnificats. Cal recordar que l’Alt Empordà va ser l’escenari central de l’etapa final de la Generalitat republicana i de la retirada de centenars de milers de persones. D’altra banda, la Catalunya Nord va ser el primer refugi de la majoria de vençuts de la Guerra Civil.

El Museu d’Història de Catalunya ha participat en l’elaboració del projecte museològic i també assessorà el Museu de l’Exili en l’adquisició de patrimoni. A més, el Museu d’Història de Catalunya cedirà al nou museu diverses obres d’art relatives a la Guerra Civil i l’exili, especialment les corresponents a l’exposició “Batecs de la memòria. A 70 anys de la Segona República”.