Els Estatuts dels FFGG regulen, entre d’altres aspectes, l’administració, el patrimoni i el règim financer de l’empresa, i en particular, que l’administració i direcció de l’empresa correspon a un consell d’administració integrat, entre d’altres, per representants de diferents departaments de l’Administració de la Generalitat, dels municipis als quals dóna servei l’empresa i de l’Entitat Metropolitana del Transport. El Govern, per tal de millorar i enfortir les relacions institucionals en matèria de transport públic en l’àmbit dels operadors de transport ferroviari, ha cregut oportú ampliar el Consell d’Administració de l’empresa fins a 18 consellers i el President, donant entrada a l’Ajuntament de Barcelona, un representant de l’ATM i un nou representant dels municipis als quals dona servei FGC.Aquesta modificació es deu al conveni que es va signar el passat 31 de gener en el consell d’administració de l’ATM (Autoritat del Transport Metropolità) pel qual en el Consell de Ferrocarril Metropolità de Barcelona, SA s’hi incorporaven dos consellers en representació de la Generalitat i al Consell de Ferrocarrils de la Generalitat de Catalunya s’hi incorporaven representants de l’Ajuntament de Barcelona i de l’ATM.