El Tribunal de Justícia de les Comunitats Europees ha admès a tràmit una demanda contra el Regne d’Espanya per possible contaminació de l’aqüífer en la zona del baix Ter. La Generalitat de Catalunya, amb competències mediambientals en aquesta zona, va declarar-la com a "vulnerable" l’any 1998 i, des de llavors, ha establert una sèrie de mesures correctores per pal·liar aquesta situació.

L’any 2000, el Grup de Defensa del Ter va enviar una queixa a la Comissió Europea en la que denunciava la contaminació de l’aqüífer del Baix Ter, situat a la província de Girona, així com de l’aigua subministrada a alguns municipis de l’Empordà com a conseqüència de la proliferació d’instal·lacions porcines intensives a la zona. El Departament de Medi Ambient, coneixedor d’aquesta problemàtica, ja abans de ser denunciats els fets davant la Comissió Europea, havia declarat aquest àmbit territorial com a “zona vulnerable” mitjançant el Decret 238/1998, en relació amb la contaminació de nitrats procedents de les fonts agràries i va anunciar una sèrie de mesures per tal d’aplicar-hi i procedir a la seva millora.

La declaració d’una zona com a vulnerable implica l’establiment d’un Codi de bones pràctiques agràries en relació amb el nitrogen que és d’obligat compliment. També pel que fa a la protecció de les aigües i a les fonts d’abastament públic es van establir una sèrie de mesures excepcionals en matèria de fonts d’abastament públiques afectades pels nitrats i es van aprovar les mesures ambientals de prevenció i correcció de la contaminació de les aigües per nitrats que s’apliquen a les zones vulnerables.

En aquest mateix sentit, es va regular mitjançant el Decret 220/2001 les mesures de control en la gestió (inclòs el transport) de les dejeccions ramaderes i dels fertilitzants nitrogenats minerals. Aquests mesures s’instrumentalitzen mitjançant els preceptius plans de gestió i llibres de les dejeccions ramaderes i els plans de fertilització per a l’aplicació del nitrogen.

Tot aquest marc normatiu es va completar amb l’establiment d’acords en el sector com el protocol de gestió de les dejeccions ramaderes, el juliol de 2002. Així mateix, des de Catalunya s’ha intentat analitzar les solucions que s’havien aplicat a altres països amb resultats positius i per exemple, s’ha treballat en l’experiència d’Holanda pel que fa als canvis en l’alimentació dels animals, mitjançant la formulació dels pinsos.

Al mateix temps, el Departament de Medi Ambient va posar en marxar un programa de mesures de gestió dels recursos hídrics a les zones vulnerables a la contaminació per nitrats que consisteixen, bàsicament, en noves captacions d’aigua o connexions a xarxes alternatives. Dels 50 projectes que s’han fet per aquest concepte, 28 corresponen a la zona vulnerable del baix Ter.

Tot i les mesures aplicades pel govern de la Generalitat, la recuperació dels aqüífers és molt lenta i, les experiències d’altres països, indiquen que no es produeixen a curt termini.