En Roddy és una rata que viu plàcidament entre els humans. Pel forat de l'aigüera apareix Syd, una rata de claveguera que li complicarà l’existència. En Roody acabarà a les clavegueres on descobrirà un món amagat, Ciutat Ratolí i coneixerà la Rita, una rateta que l’ajudarà a trobar el camí per tornar a casa.

L’estrena de la versió catalana del film Ciutat ratolí s’emmarca dins la campanya Dóna corda al cinema en català, una iniciativa de sensibilització per promoure i facilitar la presència de la llengua catalana al cinema.